大多數(shù)苗族人虔信巫術(shù)。主要的巫術(shù)活動有過陰、占卜、神明裁判、祭鬼等，此外還有蠱術(shù)等。巫術(shù)活動由巫師主持。巫師大多是非職業(yè)化的。他們在前述各種原生性崇拜和巫術(shù)活動中起著主持者的角色，有的地方巫師還兼任寨老。巫師除了熟悉祭祀方法外，大多還能講述本宗支的譜系、本民族重大歷史事件和遷徙來源的路線，熟悉各種神話傳說、古歌古詞和民間故事，有的巫師還兼有歌師和舞師的職能。所以說，巫師是苗族傳統(tǒng)文化的重要的傳承人，在苗族社會中充任知識分子的角色。此外，巫師還掌握一定的醫(yī)術(shù)，懂得一些草藥，在為人驅(qū)鬼的同時，輔以科學的醫(yī)藥手段。

除了這些傳統(tǒng)信仰之外，自近代以來，隨著西方傳教士深入我國內(nèi)地傳教，在滇黔川交界地區(qū)、貴州凱里、湖南沅陵等地區(qū)有一些苗族群眾皈依了基督教，在滇東南有少數(shù)苗族信仰天主教。尤其是滇東北、黔西北一帶的基督教信仰曾經(jīng)勢頭強盛，影響極大。外國傳教使團或者傳教士們在苗族地區(qū)開設(shè)了許多的中小學校、醫(yī)療機構(gòu)、甚至實施了一些經(jīng)濟發(fā)展項目，對于苗族社會的進步、政治地位的改善起到了不可抹滅的作用。著名的牧師有安順的黨居仁、柏格理、張道慧、王樹德等，前二者均殉職苗區(qū)。

新中國建立之后，基督教、天主教的影響一度衰微，近年有一定的復蘇的趨勢。但是，現(xiàn)在基督教、天主教實行“三自”，與1950年以前的基督教信仰在社會組織、社會影響甚至信仰內(nèi)容方面都有許多的不同。

國外的苗族，在越南、老撾有少數(shù)苗族信仰天主教。美國、法國等西方國家的苗族也有信仰基督教、天主教的。老撾、泰國的苗族也受佛教文化的影響。盡管如此，在他們的社會中，傳統(tǒng)的祖先崇拜、靈魂觀念等仍在很大程度上的保留。