917年，契丹在巴林左旗建立遼帝國(guó)，926年（后唐時(shí)期）滅掉渤海國(guó)，渤海人被強(qiáng)制遷徙至遼寧西部，遼帝國(guó)統(tǒng)治了渤海國(guó)境內(nèi)的女真族，疆域達(dá)到鄂霍茨克海。當(dāng)時(shí)，牡丹江（意思是彎曲的河）地區(qū)是東丹國(guó)天府城屬地，人們飼養(yǎng)訓(xùn)練名鷹“海東青”。綏芬河（生長(zhǎng)著錐形河螺的河）屬東京道北賓府。

完顏阿骨打從今阿城出發(fā)，逆阿什河?xùn)|行，翻張廣才嶺、馬紀(jì)嶺、斜寸嶺，進(jìn)入綏芬河流域，討伐烏春、窩謀軍的叛亂，平定了綏芬河流域的職德·斡準(zhǔn)的叛亂，1115年在阿城建立金帝國(guó)。牡丹江一帶屬于金國(guó)上京路管轄，是胡里改路（今依蘭）與恤品路（綏芬河流域一帶）的一部分。猛安謀克是金朝內(nèi)地（即上京路一帶）一種普遍的社會(huì)組織形式，自然在牡丹江和綏芬河一帶也是這種形式。金初應(yīng)有人口在六十萬(wàn)左右。當(dāng)然隨著軍事政治的發(fā)展，猛安謀克的大量南遷（遷入關(guān)內(nèi)中原一帶），人口自然會(huì)有較大幅度的減少。猛安為千戶，謀克為百戶。

1206年，鐵木真蒙古各部，在黑龍江源頭召開(kāi)大會(huì)，被尊為成吉思汗，他和子孫們建立了世界歷史上最強(qiáng)大的帝國(guó)。蒙古人是室韋人的后代。1214年當(dāng)蒙古與金在遼東與中原征戰(zhàn)正酣時(shí)，牡丹江的女真族脫離金帝國(guó)中央政府，建立東夏國(guó)（東真國(guó)），東北邊陲再度形成一個(gè)地區(qū)性的政治經(jīng)濟(jì)文化中心。1233 年南下的蒙古軍占領(lǐng)東夏國(guó)的南京（今東寧大城子古城），緊接著捕獲蒲鮮萬(wàn)奴，東夏國(guó)亡。

元朝建立以后，黑龍江上游流域居住著布里亞特蒙古族人，屬于嶺北省管轄。東北地區(qū)的女真族和遼東的契丹族、漢族歸遼陽(yáng)省管轄，后來(lái)元朝在黑龍江入海口（今俄羅斯伯力邊疆區(qū)的廟街附近）設(shè)征東元帥府，屬于遼陽(yáng)省下設(shè)機(jī)構(gòu)。元朝時(shí)期，進(jìn)入華北的女真人、契丹人全部被漢化，只剩下了居住東北的女真人和契丹人作為民族還存在。契丹人在首領(lǐng)耶律留哥領(lǐng)導(dǎo)下居住遼陽(yáng)省的遼東，由于遼東漢人過(guò)多，遼東契丹人也逐漸漢化，中亞契丹也融入當(dāng)?shù)赝回拭褡?，契丹作為一個(gè)民族在歷史上消失（聽(tīng)說(shuō)達(dá)斡爾族是契丹后代，但不知道契丹人是怎么跑到大興安嶺北面去的？）。女真人住在遼東以北，當(dāng)?shù)貪h族人口少，女真一直保持本民族特征，屬于遼陽(yáng)省開(kāi)元路（吉林農(nóng)安）管轄，分屬于5個(gè)行政區(qū)域（軍民萬(wàn)戶府）。阿哈出是富錦的萬(wàn)戶，猛哥帖木爾是依蘭的萬(wàn)戶，后來(lái)兩個(gè)萬(wàn)戶的居民南遷到綏芬河，又繼續(xù)南遷到渾江流域，成為后來(lái)最著名的建州女真，其原來(lái)的居住地成了野人女真的天下。

1409年，漢族的明朝征服苦兀（庫(kù)頁(yè)島），在元朝征東元帥府舊址（今廟街一帶）設(shè)努爾干都司，管轄整個(gè)黑龍江流域，包括貝加爾湖以東的布里亞特蒙古族人。鄂霍茨克海沿岸、外興安嶺-大興安嶺一線以北、貝加爾湖以東的200萬(wàn)平方公里的土地上居住著鄂溫克人（索倫人、雅庫(kù)特人），所以明朝只管轄了鄂溫克族部分地區(qū)而不是全部地區(qū)。努爾干都司下設(shè)115個(gè)衛(wèi)，衛(wèi)都是建立在原有氏族、部落基礎(chǔ)上的，并任命其酋長(zhǎng)擔(dān)任長(zhǎng)官。奴兒干滿語(yǔ)為“國(guó)畫(huà)”之意，表明這里山川秀麗，風(fēng)景如畫(huà)。其中著名的衛(wèi)有（1）斡朵里衛(wèi)，牡丹江口對(duì)岸的馬大屯（2）阿速江衛(wèi)，烏蘇里江（3）亦速里河衛(wèi)，烏蘇里江（4）亦麻河衛(wèi)，尼滿河流域（5）建州衛(wèi)，公元1403年置，建州左衛(wèi)公元1412年置，初設(shè)于綏芬河下游（海參崴），后遷至渾江流域（鴨綠江支流）（6）速平江衛(wèi)，綏芬河流域（7）雙城衛(wèi)，今俄羅斯的雙城子（8）安河衛(wèi)，五道河子牡丹江畔（9）麥蘭河衛(wèi)，穆棱河流域（10）毛憐衛(wèi)，其初期也曾設(shè)在穆棱河（11）阿速江衛(wèi)，寧安境內(nèi)（12）木忽刺河衛(wèi)、法因河衛(wèi)，甫爾河衛(wèi)，五虎林河流域；（13）忽兒海衛(wèi)，牡丹江。