鎮(zhèn)江南站和鎮(zhèn)江站的主要區(qū)別是：位置不同、線路不同。

1、位置不同

鎮(zhèn)江站在市區(qū)，運行的是滬寧城際鐵路上的車次；而鎮(zhèn)江南站距離市區(qū)很遠，運行的是京滬高速鐵路上的車次。

2、線路不同

鎮(zhèn)江高鐵站和鎮(zhèn)江南站是不同的高鐵站，鎮(zhèn)江站是在滬寧城際線上的，而鎮(zhèn)江南站是在京滬高鐵線上的。并且鎮(zhèn)江站在老火車站北面，萬達廣場對面，而鎮(zhèn)江南站是在丹徒的312國道邊上。