1、始建時間不同：南寧東站站房工程于2012年7月25日開工建設(shè)，2014年12月26日正式開通運營；南寧站1951年2月25日開通運營；2013年12月30日開通動車組列車。

2、站臺規(guī)模不同：南寧站的站臺規(guī)模是7臺13線；南寧東站的站臺規(guī)模是13臺30線。

3、建筑面積不同：南寧東站總建筑面積26.7萬平方米，其中站房建筑面積12萬平方米，候車大廳面積達5.8萬平方米（相當于8個標準足球場），純商業(yè)面積2.8萬平方米，地方配套建筑面積22萬平方米，建筑總高度48.25米，共24座站臺；南寧站總建筑面積7000㎡，候車室面積3564㎡，建筑總高度20.4米，13座站臺。